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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
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Ambiente Software | ||||||||
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< < | Boccia ricorda quanto detto nella scorsa riunione del gruppo e sottolinea la necessità di definire standard per la configurazione e la pubblicare dell'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti. Tutti concordano che la questione è molto delicata non solo per la elevata trasversalità del problema (che interessa non solo le comunità HPC ma tutte le comunità di utenti in generale) che riguarda almeno i gruppi: Middleware, FUS e il gruppo mpi/multicore stesso ma che coinvolge anche i gruppi che sviluppano GLUE. | |||||||
> > | Boccia ricorda quanto detto nella scorsa riunione del gruppo e sottolinea la necessità di definire standard per la configurazione e la pubblicazione dell'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti. Tutti concordano che la questione è molto complessa per la elevata trasversalità del problema (di interessa non solo per le comunità HPC ma per tutte le comunità di utenti in generale) poichè riguarda almeno i gruppi Middleware, FUS e il gruppo mpi/multicore stesso ma che coinvolge anche i gruppi che sviluppano GLUE. | |||||||
Si concorda che la soluzione migliore per by-passare il problema sia quella di procedere per step: | ||||||||
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< < | Alfieri fa notare che a Napoli hanno elaborato una prima metodologia (basata sull'utilizzo di LCG-VO-TAGS, sulle variabili CE-RUNTIME e su una buona documentazione dell'utilizzo delle librerie disponibili, che può essere un buon punto di partenza nel supporto alle applicazioni e ricorda a tutti che i colleghi di Napoli hanno preparato la bozza di una proposta per la standardizzazione del middleware applicativo: /MPI/AmbienteSoftwareApplicazioni. | |||||||
> > | Alfieri fa notare che a Napoli hanno elaborato una prima metodologia (basata sull'utilizzo di LCG-VO-TAGS, sulle variabili CE-RUNTIME e su una buona documentazione dell'utilizzo delle librerie disponibili) che può essere un buon punto di partenza nel supporto alle applicazioni e ricorda a tutti che i colleghi di Napoli hanno preparato la bozza di una proposta per la standardizzazione del middleware applicativo: /MPI/AmbienteSoftwareApplicazioni. | |||||||
Tale proposta sarà integrata inserendo i punti cardine dell'esperienza del gruppo di Napoli, punti che saranno integrati/modificati eventualmente dai rappresentanti delle comunità di utenti del gruppo mpi/multicore con l'aggiunta di loro opinioni/esigenze. Carracciuolo sottolinea che è importante avere contributi anche dagli utenti ed auspica una loro viva partecipazione alla stesura del documento. |
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 36 to 36 | ||||||||
Tutti concordano che la questione è molto delicata non solo per la elevata trasversalità del problema (che interessa non solo le comunità HPC ma tutte le comunità di utenti in generale) che riguarda almeno i gruppi: Middleware, FUS e il gruppo mpi/multicore stesso ma che coinvolge anche i gruppi che sviluppano GLUE. Si concorda che la soluzione migliore per by-passare il problema sia quella di procedere per step: | ||||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 28 to 26 | ||||||||
Sono state inserite alcune note sull'utilizzo degli attributi "Wholenodes" e Mpi-start; Attributi "WholeNodes" | ||||||||
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< < | Si ritiene necessario poter configurare l'LRMS in modo da supportare il Job packing (per ottimizzare l'uso delle risorse), la classificazione e la gestione dei diversi tipi di job (seriali, paralleli, memory-bound): Sono in corso contatti con D. Salomoni per la parte LSF. | |||||||
> > | Alfieri R. riassume i punti salienti del primo incontro che si è svolto a Napoli tra Boccia, Carracciuolo, Alfieri e Salomoni con l'obiettivo di implementare a livello del LRMS (per LSF e PBS) meccanismi che consentano un utilizzo corretto, equo e massimizzato delle risorse di calcolo (in particolare quelle rivolte alle comunità HPC). Si ritiene necessario poter configurare l'LRMS in modo da supportare almeno il Job packing (per ottimizzare l'uso delle risorse), la classificazione e la gestione dei diversi tipi di job (seriali, paralleli, memory-bound). | |||||||
Ambiente Software | ||||||||
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< < | Si ritiene necessario determinare un metodo standard per configurare e pubblicare l'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti. Anche l'installazione del profilo WN e del profilo WN-MPI dovrebbero configurare un ambiente software "di base" per appicazioni scientifiche quali : compilatori (gcc/gfortran, openMPI), librerire sceintifiche (Gsl, Atlas, LaPack, Blas, Fftw3), librerie formattazione dei dati (hdf5, netcdf) | |||||||
> > | Boccia ricorda quanto detto nella scorsa riunione del gruppo e sottolinea la necessità di definire standard per la configurazione e la pubblicare dell'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti.
Tutti concordano che la questione è molto delicata non solo per la elevata trasversalità del problema (che interessa non solo le comunità HPC ma tutte le comunità di utenti in generale) che riguarda almeno i gruppi: Middleware, FUS e il gruppo mpi/multicore stesso ma che coinvolge anche i gruppi che sviluppano GLUE.
Si concorda che la soluzione migliore per by-passare il problema sia quella di procedere per step:
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< < | I colleghi di Napoli hanno preparato la bozza di una proposta per la standardizzazione del middleware applicativo: /MPI/AmbienteSoftwareApplicazioni Aggiungeranno i punti emersi durante la discussione, ma e' importante avere contributi anche dagli utenti. | |||||||
> > | Carracciuolo sottolinea che è importante avere contributi anche dagli utenti ed auspica una loro viva partecipazione alla stesura del documento. | |||||||
Gestione e utilizzo dei dati |
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
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A Bologna: Roberto Alfieri, Massimo Drudi, Antonia Ghiselli, Marco Bencivenni. | ||||||||
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< < | In remoto; Vania Boccia, Giovanni Barone, Luisa Carracciuolo, Enrico Mazzoni. Daniele Cesini e Alessandro Costantini. | |||||||
> > | In remoto; Vania Boccia, Giovanni Barone, Luisa Carracciuolo, Enrico Mazzoni, Daniele Cesini e Alessandro Costantini. | |||||||
Minute | ||||||||
Line: 36 to 36 | ||||||||
Si ritiene necessario determinare un metodo standard per configurare e pubblicare l'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti. Anche l'installazione del profilo WN e del profilo WN-MPI dovrebbero configurare un | ||||||||
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< < | ambiente software "di base" per appicazioni scientifiche (gcc/gfortran 4.1.2, GSL, ATLAS, LAPACK, FFTW3, ecc) | |||||||
> > | ambiente software "di base" per appicazioni scientifiche quali : compilatori (gcc/gfortran, openMPI), librerire sceintifiche (Gsl, Atlas, LaPack, Blas, Fftw3), librerie formattazione dei dati (hdf5, netcdf) | |||||||
I colleghi di Napoli hanno preparato la bozza di una proposta per la standardizzazione del middleware applicativo: /MPI/AmbienteSoftwareApplicazioni Aggiungeranno i punti emersi durante la discussione, ma e' importante avere contributi anche dagli utenti. |
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012Location: INFN-CNAF, Via Ranzani Bologna, sala Riunioni Asinelli , dalle 14:00 alle 16:00 | ||||||||
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< < | Programma | |||||||
> > | Presenti | |||||||
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< < | - Stato dei siti | |||||||
> > | A Bologna: Roberto Alfieri, Massimo Drudi, Antonia Ghiselli, Marco Bencivenni. | |||||||
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< < | - Analisi dei principali punti della sperimentazione e loro stato:
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> > | In remoto; Vania Boccia, Giovanni Barone, Luisa Carracciuolo, Enrico Mazzoni. Daniele Cesini e Alessandro Costantini. | |||||||
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> > | Minute | |||||||
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< < | - Partecipazione a Workshop, e congressi | |||||||
> > | Stato dei siti I siti di Parma, Napoli Pisa e Perugia sono attivi e correttamente configurati nel TOP BDII di produzione. Il sito di Bologna/IGI e' in ritardo a causa del ritardo di consegna del materiale. Deployment: problematiche di installazione e configurazione del supporto MPI in EMI-1 Occorre prestare attenzione nella configurazione Yaim del CE: il profilo MPI_CE deve esistere e deve essere il primo della lista. E' necessario pubblicare anche nel sistema informativo il tipo di rete (MPI-Ethernet | MPI-Infiniband) Ambiente Hardware Sono state inserite alcune note sull'utilizzo degli attributi "Wholenodes" e Mpi-start; Attributi "WholeNodes" Si ritiene necessario poter configurare l'LRMS in modo da supportare il Job packing (per ottimizzare l'uso delle risorse), la classificazione e la gestione dei diversi tipi di job (seriali, paralleli, memory-bound): Sono in corso contatti con D. Salomoni per la parte LSF. Ambiente Software Si ritiene necessario determinare un metodo standard per configurare e pubblicare l'ambiente software (librerie tools, compilatori, ..) disponibili nei siti. Anche l'installazione del profilo WN e del profilo WN-MPI dovrebbero configurare un ambiente software "di base" per appicazioni scientifiche (gcc/gfortran 4.1.2, GSL, ATLAS, LAPACK, FFTW3, ecc) I colleghi di Napoli hanno preparato la bozza di una proposta per la standardizzazione del middleware applicativo: /MPI/AmbienteSoftwareApplicazioni Aggiungeranno i punti emersi durante la discussione, ma e' importante avere contributi anche dagli utenti. Gestione e utilizzo dei dati Un aspetto importante nella gestione dei dati e' la possibilita' di accedere a stdout e stderr durante l'esecuzione del job. Questa funzionalita' e' gia stata aggiunta nel portale (Marco B e Alessandro C.) per una specifica applicazione: ogni ora i dati dell'applicazione vengono copiati su uno Storage Element e pubblicati via https. Occorrera' valutare se la funzionalita' puo' essere estesa in modo trasparente a tutta la VO gridit (o altre). Stato del portale Siamo in attesa che si completi l'iter burocratico per l'attivazione dell'autenticazione via Idem. La CA-onfine e' in stato avanzato di integrazione. Stato delle applicazioni Ora che l'infrastruttura e' pronta le applicazioni devono essere portate al piu' presto, in modo da terminare possibilmente le attivita' entro l'estate. Al momento solo Einstein Toolkit (DePietri) e Nemo (Drudi) sono pronte. - Partecipazione a Workshop, e congressi. | |||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012Location: INFN-CNAF, Via Ranzani Bologna, sala Riunioni Asinelli , dalle 14:00 alle 16:00 | ||||||||
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< < | Programma (in fase di definizione) | |||||||
> > | Programma | |||||||
- Stato dei siti | ||||||||
Line: 22 to 19 | ||||||||
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< < | - Stato delle applicazioni | |||||||
> > | - Stao delle applicazioni | |||||||
- Partecipazione a Workshop, e congressi |
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 26 to 26 | ||||||||
- Stato delle applicazioni - Partecipazione a Workshop, e congressi | ||||||||
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Coordinate per l'accesso via EVO: Title: MPI Multicore Description: Community: Universe Meeting Access Information: - Meeting URL http://evo.caltech.edu/evoNext/koala.jnlp?meeting=vsvivIeseaIBIlaiavItas Phone Bridge ID è 536 8640 | |||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 9 to 9 | ||||||||
Programma (in fase di definizione) | ||||||||
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< < | Analisi dei principali punti della sperimentazione e loro stato: | |||||||
> > | - Stato dei siti - Analisi dei principali punti della sperimentazione e loro stato: | |||||||
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Line: 21 to 23 | ||||||||
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> > | - Stato delle applicazioni - Partecipazione a Workshop, e congressi |
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 21 to 21 | ||||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
Line: 18 to 18 | ||||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012 | ||||||||
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Location: INFN-CNAF, Via Ranzani Bologna, sala Riunioni Asinelli , dalle 14:00 alle 16:00 | ||||||||
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Programma (in fase di definizione) | ||||||||
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Analisi dei principali punti della sperimentazione e loro stato:
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012Location: INFN-CNAF, Via Ranzani Bologna, sala Riunioni Asinelli , dalle 14:00 alle 16:00 Programma (in fase di definizione) | ||||||||
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Riunione MPI-multicore del 1/06/2012Location: INFN-CNAF, Via Ranzani Bologna, sala Riunioni Asinelli , dalle 14:00 alle 16:00 Programma (in fase di definizione) |