MPI-multicore: Applicazioni

  • SISSA, Stefano Cozzini
    • Quantum/espresso: L'utilizzo sara' principalmente su nodi multicore ( wholenode); possibile necessita' di 32/64 core. Il codice richiede Intel compiler per essere efficiente + MKL +FFTW3
    • RegCM: qui continueremo la sperimentazione all'interno di un nodo multicore (wholenodes). L'idea e' di girare in grid la verfica e la validazione dei vari modelli: quindi molti run brevi ma non lunghissimi. Le dipendenze software qui sono nulle perche' manderemo in grid il relocatable package che contiene tutto quanto
    • LAMMPS: codice di dinamica molecolare che e' usato da studenti Sissa e con il quale vorremmo fare qualche esperimento in grid. L'idea anche qui e' di usarlo su architetture multicore per molti runs indipendenti.
    • Refs:Calculation of Phonon Dispersions on the Grid Using Quantum ESPRESSO - Protein Folding by Bias Exchange Metadynamics on a Grid Infrastructure

  • CNR-BO
    • Namd (Venturini)
    • Quantum/espresso in modalita' MPI: primo test su Napoli con inserimento di Degli Esposti nella VO unina.it

  • Parma: Roberto De Pietri con una applicazione di cromodinamica quantistica, e di gravitazione numerica, gia' inproduzione sul cluster Theophys di Pisa .

  • INAF: Ugo Becciani, con applicazioni di "GAIA Mission" di tipo parallelo/seriale, disponibilita' di tempo dall'inizio di maggio

  • INGV; Massimiliano Drudi con l' applicazione parallela "NEMO" di OCEANOGRAFIA. Non richiede un elevato numero di nodi e si decide di cominciare a farla girare sul sito di Perugia (A.Costantini). Disponibilita' di Drudi dal 10 di aprile.

Sommario requirements:

GAIA Einstein-Tk NEMO NAMD QuantumEpresso RegCM
Parallelization Model (MPI, openMP, Hybrid, GPU, .. )
MPI/openMP          
CPU requirements (1-10 WholeNodes, 16-24 CPUs, ..)
8-64 WholeNodes          
Memory requirements ( No, 1-2 GB per core, Memory-Bound=whole avail. mem. )
1-10 GB per core          
Match Making (Yes=WMS can find a suitable resource, No = I select the resource
No          
Code Developer (P=personal ,OS=OpenSource, C=Commercial, ...)
P/OS          
Specific Compiler/Version needed on the WN (No=compiled on the UI, gcc/g++, icc, Java ..)
gcc-c++          
Interpreter needed on the WN (Python, perl, ..)
no          
Applications needed on the WN. Specify version if important (QE, gaussian,..)
           
Libraries needed on the WN at execution time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
cfitsio          
Libraries needed on the WN at compile time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
cfitsio        
Large amount of Data (No, 10GB Input, 20-30 GB output)
No        
Data Intensive (No, High speed SAN, local scratch disks, .. )
No        
Expected Execution time (No=within a few hours, 24-48h, 72h or more )
?        
Checkpoints (No, Yes=I'll continue the run on the same site )
No        
Communication Intensive (No, Infiniband, ... )
No        
Web portal (No=not needed, D=yes for data management, CI= yes with Custmized Interface, ... )
CI        

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Topic revision: r10 - 2012-10-07 - RobertoAlfieri
 
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