(r10) Applications < MPI

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---++ [[/MPI/WebHome MPI-multicore]]: Applicazioni 

   * SISSA, Stefano Cozzini
      * Quantum/espresso:
   L'utilizzo sara' principalmente su nodi multicore ( wholenode); possibile necessita'  di 32/64 core.
   Il codice richiede Intel compiler per essere efficiente + MKL +FFTW3
      *  RegCM:
   qui continueremo la sperimentazione all'interno di un nodo multicore (wholenodes).
   L'idea e' di girare in grid la verfica e la validazione dei vari modelli: quindi molti run brevi ma non lunghissimi.
   Le dipendenze software qui sono nulle perche' manderemo in grid il relocatable package che contiene tutto quanto
      * LAMMPS:
   codice di dinamica molecolare che e' usato da studenti Sissa e con il quale vorremmo fare qualche esperimento in grid.
   L'idea anche qui e' di usarlo su architetture multicore per molti runs indipendenti.
      *  Refs:[[http://users.ictp.it/~pub_off/lectures/lns024/10-giannozzi/10-giannozzi.pdf  Calculation of Phonon Dispersions on the Grid Using Quantum ESPRESSO ]]   -  [[http://users.ictp.it/~pub_off/lectures/lns024/08-dimeo/08-dimeo.pdf  Protein Folding by Bias Exchange Metadynamics on a Grid Infrastructure]] 

   * CNR-BO
      *  Namd (Venturini)
      *  Quantum/espresso in modalita' MPI:
 primo test su Napoli con inserimento di Degli Esposti nella VO unina.it


   * Parma: Roberto De Pietri con una applicazione di cromodinamica quantistica, e di gravitazione numerica, gia' inproduzione sul cluster Theophys di  Pisa . 
      * Refs:  [[http://www.fis.unipr.it/dokuwiki/doku.php?id=roberto.depietri:pub:chroma USQCD Chroma Library]] -  [[http://www.fis.unipr.it/dokuwiki/doku.php?id=roberto.depietri:pub:einstein_toolkit Einstein Toolkit]]

   * INAF: Ugo Becciani, con applicazioni  di "GAIA Mission" di tipo parallelo/seriale, disponibilita' di tempo dall'inizio di maggio

   * INGV; Massimiliano Drudi con l' applicazione parallela "NEMO" di OCEANOGRAFIA. Non richiede un elevato numero di nodi e si decide di cominciare a farla girare sul sito di Perugia (A.Costantini). Disponibilita' di Drudi dal 10 di aprile.


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---++ Sommario requirements: 

|   *GAIA*   |   *Einstein-Tk*  |  *NEMO*  |  *NAMD*  |  *QuantumEpresso* |  *RegCM*  |
|   Parallelization Model (MPI, openMP, Hybrid, GPU, ..  )   |||||||||||
|   MPI/openMP  |   |    | | |   | 
|  CPU requirements (1-10 WholeNodes, 16-24 CPUs, ..)   |||||||
| 8-64 WholeNodes |   |  |  | |  |
|  Memory requirements ( No, 1-2 GB per core, Memory-Bound=whole avail. mem. )   |||||||
| 1-10 GB per core |   |  |  | |  |
|  Match Making (Yes=WMS can find a suitable resource,  No = I select the resource   |||||||
| No |   |  |  | |  |
|  Code Developer (P=personal ,OS=OpenSource, C=Commercial, ...)   |||||||| 
| P/OS  |   | |  |  |  |
|   Specific Compiler/Version  needed on the WN (No=compiled on the UI,  gcc/g++, icc, Java ..)  ||||||||
| gcc-c++ |  | |  |  |  |
|   Interpreter needed on the WN  (Python, perl, ..)   ||||||||
| no   |  |   |  |  |  |
|   Applications needed on the WN. Specify version if important (QE, gaussian,..)    |||||||||||
|   |  |  | | | |
|   Libraries needed on the WN at execution time (Blas, Lapack, Gsl, ..)   ||||||||||
| cfitsio  | | |  |  |  |
|   Libraries needed on the WN at compile time (Blas, Lapack, Gsl, ..)   ||||||||||
| cfitsio | | || | |
|  Large amount of Data  (No,  10GB Input, 20-30 GB output)   ||||||||||
| No  | | | | ||
|   Data Intensive (No,  High speed SAN, local scratch disks, .. )   ||||||||||
| No | | | | ||
|  Expected Execution time  (No=within a few hours, 24-48h, 72h or more )   ||||||||||
| ? | | | | ||
|  Checkpoints (No,  Yes=I'll continue the run on the same site )   ||||||||||
| No | | | || |
|  Communication Intensive (No, Infiniband, ... )   ||||||||||
| No  | | | | ||
|  Web portal (No=not needed, D=yes for data management, CI=  yes with Custmized Interface, ... )   ||||||||||
| CI  | | | | ||
Topic revision: r10 - 2012-10-07 - RobertoAlfieri
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