MPI-multicore: Applicazioni

• SISSA, Stefano Cozzini
  • Quantum/espresso: L'utilizzo sara' principalmente su nodi multicore ( wholenode); possibile necessita' di 32/64 core. Il codice richiede Intel compiler per essere efficiente + MKL +FFTW3
  • RegCM: qui continueremo la sperimentazione all'interno di un nodo multicore (wholenodes). L'idea e' di girare in grid la verfica e la validazione dei vari modelli: quindi molti run brevi ma non lunghissimi. Le dipendenze software qui sono nulle perche' manderemo in grid il relocatable package che contiene tutto quanto
  • LAMMPS: codice di dinamica molecolare che e' usato da studenti Sissa e con il quale vorremmo fare qualche esperimento in grid. L'idea anche qui e' di usarlo su architetture multicore per molti runs indipendenti.
  • Refs:Calculation of Phonon Dispersions on the Grid Using Quantum ESPRESSO - Protein Folding by Bias Exchange Metadynamics on a Grid Infrastructure

• CNR-BO
  • Namd (Venturini)
  • Quantum/espresso in modalita' MPI: primo test su Napoli con inserimento di Degli Esposti nella VO unina.it

• Parma: Roberto De Pietri con una applicazione di cromodinamica quantistica, e di gravitazione numerica, gia' inproduzione sul cluster Theophys di Pisa .
  • Refs: USQCD Chroma Library - Einstein Toolkit

• INAF: Ugo Becciani, con applicazioni di "GAIA Mission" di tipo parallelo/seriale, disponibilita' di tempo dall'inizio di maggio

• INGV; Massimiliano Drudi con l' applicazione parallela "NEMO" di OCEANOGRAFIA. Non richiede un elevato numero di nodi e si decide di cominciare a farla girare sul sito di Perugia (A.Costantini). Disponibilita' di Drudi dal 10 di aprile.

Sommario requirements:

GAIA	Einstein-Tk	NEMO	NAMD	QuantumEpresso	RegCM
Web portal (No=not needed, D=yes for data management, CI= yes with Custmized Interface, ... )
Specific Compiler/Version needed on the WN (No=compiled on the UI, gcc/g++, icc, Java ..)
Parallelization Model (MPI, openMP, Hybrid, GPU, .. )
P/OS
No
no
No
No
No
No
MPI/openMP
Memory requirements ( No, 1-2 GB per core, Memory-Bound=whole avail. mem. )
Match Making (Yes=WMS can find a suitable resource, No = I select the resource
Libraries needed on the WN at execution time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
Libraries needed on the WN at compile time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
Large amount of Data (No, 10GB Input, 20-30 GB output)
Interpreter needed on the WN (Python, perl, ..)
gcc-c++
Expected Execution time (No=within a few hours, 24-48h, 72h or more )
Data Intensive (No, High speed SAN, local scratch disks, .. )
CPU requirements (1-10 WholeNodes, 16-24 CPUs, ..)
Communication Intensive (No, Infiniband, ... )
Code Developer (P=personal ,OS=OpenSource, C=Commercial, ...)
CI
Checkpoints (No, Yes=I'll continue the run on the same site )
cfitsio
cfitsio
Applications needed on the WN. Specify version if important (QE, gaussian,..)
?
8-64 WholeNodes
1-10 GB per core