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MPI-multicore: Applicazioni

  • SISSA, Stefano Cozzini
    • Quantum/espresso: L'utilizzo sara' principalmente su nodi multicore ( wholenode); possibile necessita' di 32/64 core. Il codice richiede Intel compiler per essere efficiente + MKL +FFTW3
    • RegCM: qui continueremo la sperimentazione all'interno di un nodo multicore (wholenodes). L'idea e' di girare in grid la verfica e la validazione dei vari modelli: quindi molti run brevi ma non lunghissimi. Le dipendenze software qui sono nulle perche' manderemo in grid il relocatable package che contiene tutto quanto
    • LAMMPS: codice di dinamica molecolare che e' usato da studenti Sissa e con il quale vorremmo fare qualche esperimento in grid. L'idea anche qui e' di usarlo su architetture multicore per molti runs indipendenti.
    • Refs:Calculation of Phonon Dispersions on the Grid Using Quantum ESPRESSO - Protein Folding by Bias Exchange Metadynamics on a Grid Infrastructure

  • CNR-BO
    • Namd (Venturini)
    • Quantum/espresso in modalita' MPI: primo test su Napoli con inserimento di Degli Esposti nella VO unina.it

  • Parma: Roberto De Pietri con una applicazione di cromodinamica quantistica, e di gravitazione numerica, gia' inproduzione sul cluster Theophys di Pisa .

  • INAF: Ugo Becciani, con applicazioni di "GAIA Mission" di tipo parallelo/seriale, disponibilita' di tempo dall'inizio di maggio

  • INGV; Massimiliano Drudi con l' applicazione parallela "NEMO" di OCEANOGRAFIA. Non richiede un elevato numero di nodi e si decide di cominciare a farla girare sul sito di Perugia (A.Costantini). Disponibilita' di Drudi dal 10 di aprile.


Sommario requirements:

GAIA Einstein-Tk NEMOSorted ascending NAMD QuantumEpresso RegCM
Applications needed on the WN. Specify version if important (QE, gaussian,..)
Checkpoints (No, Yes=I'll continue the run on the same site )
Code Developer (P=personal ,OS=OpenSource, C=Commercial, ...)
Communication Intensive (No, Infiniband, ... )
CPU requirements (1-10 WholeNodes, 16-24 CPUs, ..)
Data Intensive (No, High speed SAN, local scratch disks, .. )
Expected Execution time (No=within a few hours, 24-48h, 72h or more )
Interpreter needed on the WN (Python, perl, ..)
Large amount of Data (No, 10GB Input, 20-30 GB output)
Libraries needed on the WN at compile time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
Libraries needed on the WN at execution time (Blas, Lapack, Gsl, ..)
Match Making (Yes=WMS can find a suitable resource, No = I select the resource
Memory requirements ( No, 1-2 GB per core, Memory-Bound=whole avail. mem. )
MPI/openMP          
8-64 WholeNodes          
1-10 GB per core          
No          
P/OS          
gcc-c++          
no          
           
cfitsio          
cfitsio        
No        
No        
?        
No        
No        
CI        
Parallelization Model (MPI, openMP, Hybrid, GPU, .. )
Specific Compiler/Version needed on the WN (No=compiled on the UI, gcc/g++, icc, Java ..)
Web portal (No=not needed, D=yes for data management, CI= yes with Custmized Interface, ... )
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Topic revision: r10 - 2012-10-07 - RobertoAlfieri
 
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