Tags:
, view all tags

MPI-multicore: Applicazioni

  • SISSA, Stefano Cozzini
    • Quantum/espresso: L'utilizzo sara' principalmente su nodi multicore ( wholenode); possibile necessita' di 32/64 core. Il codice richiede Intel compiler per essere efficiente + MKL +FFTW3
    • RegCM: qui continueremo la sperimentazione all'interno di un nodo multicore (wholenodes). L'idea e' di girare in grid la verfica e la validazione dei vari modelli: quindi molti run brevi ma non lunghissimi. Le dipendenze software qui sono nulle perche' manderemo in grid il relocatable package che contiene tutto quanto
    • LAMMPS: codice di dinamica molecolare che e' usato da studenti Sissa e con il quale vorremmo fare qualche esperimento in grid. L'idea anche qui e' di usarlo su architetture multicore per molti runs indipendenti.
    • Refs:Calculation of Phonon Dispersions on the Grid Using Quantum ESPRESSO - Protein Folding by Bias Exchange Metadynamics on a Grid Infrastructure

  • CNR-BO Quantum/espresso in modalita' MPI; primo test su Napoli con inserimento di Degli Esposti nella VO unina.it

  • Parma: Roberto De Pietri con una applicazione di cromodinamica quantistica, e di gravitazione numerica, gia' inproduzione sul cluster Theophys di Pisa .

  • INAF: Ugo Becciani, con applicazioni di "GAIA Mission" di tipo parallelo/seriale, disponibilita' di tempo dall'inizio di maggio

  • INGV; Massimiliano Drudi con l' applicazione parallela "NEMO" di OCEANOGRAFIA. Non richiede un elevato numero di nodi e si decide di cominciare a farla girare sul sito di Perugia (A.Costantini). Disponibilita' di Drudi dal 10 di aprile.


Sommario requirements:

NEMO GAIASorted ascending Einstein-Tk Reg-CM NAMD
Applications needed on the WN. Specify version if important (QE, gaussian,..)
Checkpoints (no, yes=I'll continue the run on the same site )
Communication Intensive (no, Infiniband, ... )
Compiler needed on the WN ( C/C++, Fortran, Java ..)
Data Intensive (no, High speed SAN, local scratch disks, .. )
Expected Execution time (no, few hours, 24-48h, 72h or more )
Hardware requirements (1-10 WholeNodes, 16-24 CPUs, ..)
Interpreter needed on the WN (Python, perl, ..)
Large amount of Data (no, 10GB Input, 20-30 GB output)
Libraries needed to compile on the WN (Blas, Lapack, Gsl, ..)
Libraries needed to run on the WN (Blas, Lapack, Gsl, ..)
         
         
         
         
         
         
         
         
         
         
         
         
         
         
Parallelization Model (MPI, openMP, Hybrid, GPU, .. )
Type of code (own, Open Source, Commercial)
Web portal (not needed, very useful , yes but is required custmized interface... )
Where the code is compiled (UI, WN)
x y z    
Edit | Attach | PDF | History: r24 | r9 < r8 < r7 < r6 | Backlinks | Raw View | More topic actions...
Topic revision: r7 - 2012-10-06 - RobertoAlfieri
 
  • Edit
  • Attach
This site is powered by the TWiki collaboration platformCopyright © 2008-2024 by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback